所以尽管有传闻说小崎佑太回不来了，长崎港很可能会由本地某位大名接管，绝大多数人还是会认为这并不是什么大不了的事情。

而小崎佑太离开长崎时，几乎带走了全部的得力干将，以及一多半的驻军，这简直就是给后来者扫清了拿下长崎的所有障碍。

所以当熊本藩的武装舰队大摇大摆驶入长崎港的时候，没遭受到任何有组织的抵抗。甚至就连象征性的警告都没有发生，熊本军便顺利地登陆上岸了。

正如细川纲利向石迪文夸下的海口，熊本藩的确是为夺取长崎作了很细致的准备。

熊本军的目标十分明确，登陆之后并未对城区展开劫掠，而是直接奔赴长崎港的官邸、兵营和仓库，先行将这些重要单位控制住。

此时的地方官府已经是一个空架子，根本没人坐镇指挥，能跑的听到风声就已经跑了。加之有熊本藩的内应提前策反，导致小崎佑太留在这里的百余名士兵也没有尝试反抗，就直接选择弃械投降了。

长崎港的外国商家在这场短暂的军事行动中基本都未蒙受损失，仅有少数隶属于幕府的商户，在熊本军控制住局势之后，便被一一登门查抄财物。