李克用清扫了长安地面，上疏请求圣驾还朝。

8月27日，昭宗抵达长安。

在李克用的军事支持下，昭宗刚到长安就下诏将关西集团的走狗、吃里扒外的宰相崔昭纬免职。不久之后，再贬崔昭纬为梧州司马，不久赐死；

崔昭纬的同党，刘崇鲁，被贬为崖州司户；崔昭纬的兄弟——静难节度副使崔鋋，也同样罪不可赦，此前，昭宗特意下诏全军，“破贼之时，勿令漏网”，非弄死那小子不可。

这是整顿文官集团的好机会，可历史很会开玩笑，刚刚铲除了文官集团中的毒瘤，宰相孔纬就因病医治无效，于长安逝世。昭宗不胜其悲，“难道上天不愿看到大唐复兴？何故斩我手足？”

李克用继续对王行瑜穷追猛打，王行瑜实在招架不住，于是向李茂贞求救，李茂贞派兵一万协防。

李克用上疏，要求昭宗诏令李茂贞退兵，同时还要批准自己对李茂贞发动进攻。

昭宗发布最高指示：既然李茂贞主动诛杀元凶李继鹏，说明他已经回心转意，既往不咎，你不准打他。

另诏李茂贞：疯了吧你？别这么不懂事儿！赶紧退兵，要乖哟。

王行瑜丢城失地，连连败退，儿子王知进也被生擒。李茂贞派来的凤翔援军也被李克用击溃。万般无奈之下，王行瑜逃回邠州大本营，派使节呈递奏章，表示愿意投降。

李克用率军包围邠州城。

王行瑜登上城楼，哀嚎痛哭，向李克用哭道：“我王行瑜有什么罪？胁迫皇上，那是李茂贞、李继鹏父子干的好事，跟我毫不相干！不信去凤翔问问，我愿意亲赴京师，负荆请罪。”

李克用“呵呵”一笑，冷嘲热风道：“王尚父（王行瑜求封尚书令不成，昭宗赐号‘尚父’以宽慰他），干嘛如此卑躬屈膝？我可承受不起啊。不是我要为难你，而是朝廷有诏讨伐三个贼子，您恰巧榜上有名，我是奉旨办事而已。至于去朝廷请罪嘛，这事儿，我可做不了主。”

王行瑜自知不敌，于是放弃负隅顽抗，带着全家老小，弃城北逃。逃到半路途中，被部下诛杀，人头连同妻儿老小二百余口，被押送朝廷。