不过乃亚虽然说是靠打牌决胜负，但其实规则上还是跟传统的决斗怪兽有区别。其主要就表现在乃亚引入了“卡组统领”的新规则。

其实放在其他一些游戏里这倒也不是什么很罕见的规则。

就是说每名玩家在决斗开始之前需要从自己卡组里选择一只怪兽作为“卡组统领”。每个怪兽作为卡组统领时都具备各自的特殊能力（和卡片效果不同），并且玩家可以在自己的回合随时把卡组统领召唤上场。

只不过召唤上场的卡组统领如果在决斗中被打倒，那么玩家会直接被判定失败。

但动画里关于这部分规则的描述很含糊，只能根据动画表现来推测能选作卡组统领的怪兽可能也有限制。

比方说五巨头后来的决斗中没有选择用他们的王牌怪兽“五帝龙”作为卡组统领，而是通过仪式魔法将他们五个人属性不同的卡组统领作为祭品特殊召唤了五帝龙。

（动画这段剧情里的五帝龙是仪式怪兽不是融合怪兽。）

比如海马也没有直接把青眼究极龙当做卡组统领，无条件跳上来一波糊脸打死。

幕后boss乃亚也没有把自己的王牌怪兽“天界王志那都”直接作为卡组统领，目测也可能是因为那只怪兽有召唤限制。

也就是说，可能存在有召唤限制、写明了“必须满足某种条件”才能召唤的怪兽，可能就没办法选作卡组统领。

这边游戏规则解说完毕后，乃亚直接把众人全部划分开来、通过不同的隧道扔去了虚拟世界里不同地图的不同角落。