这方面倒是和原著的情况差不多，被傀儡系统控制的初号机也是发了疯一般的攻击三号机，不过区别就是三号机这边因为被崩玉影响出现了变异的关系，导致实力要比原著中强得多，所以初号机并没有直接将它撕了，但是这种违背碇真嗣的意志强行出手，甚至过程中碇真嗣一直都在恳求父亲停手，碇源堂也没任何回应的行为还是彻底的惹怒了碇真嗣。

从林顿的角度当然也是很能理解碇真嗣这边的反应，就是你写信说有事拜托我让我来的第三新东京市，过来就突然让我开eva。勉强接受了这样的设定，结果突然你又说开发了一个傀儡系统来代替我，合着卸磨杀驴过河拆桥呢？就自己只是个智能驾驶之前的工具测试员呗，现在傀儡系统出来自己是不是也已经不重要了？

所谓期望有多大，失望就有多大。碇真嗣之前对自己的父亲抱有期望，还想要做些事情得到父亲的认可，但是傀儡系统就是对他所有努力的完全否定，可以说是碇源堂捏着他的脸在告诉他我更加信任机器操作，而不是你。

在这样的打击下，碇真嗣直接都自闭了。从初号机上下来之后的第一句话就是，“我再也不要驾驶这样的东西了”。很明显对于这样的情况，碇真嗣的选择就是逃避，而不是去证明什么我比智能系统有用之类的，这当然也是他的性格使然，遇到痛苦的时候，反正先闪开再说。

当然碇源堂这边肯定也不惯着他啊，不开你还留在nerv干嘛，直接给我滚蛋。而这边的碇真嗣的回答大概也就是滚就滚的意思，根本没有丝毫的留念。此时这边的碇源堂大概也是对傀儡系统有些盲目的自信了，或者觉得自己并没有必要和碇真嗣妥协什么，不仅没有挽留的意思，甚至当场就下令注销碇真嗣的驾驶员资料。

和碇源堂谈完之后，碇真嗣算是彻底的失望了。他决定离开第三新东京市，至于什么使徒毁灭世界的事情，他不想管了，毁灭吧，赶紧地，累了。

此时唯一想要挽留碇真嗣的人大概就是葛城美里了，也是的她把目前碇真嗣的情况告诉给林顿的，本来的意思大概是想要让的林顿这边帮忙想想办法，但是林顿这边本来也就不想管这件事。