直临海洋的高山深谷，长崎有着水深超过四十米的天然深水良港。

十六世纪，在耶稣会传教士和葡萄牙商人的积极经营下，这个边陲小港成为拥有大教堂和教会学校的日本传教中心。

德川家康统一日本时，长崎成为对外贸易集散地，各国商人在此聚集，后来基督教势力蓬勃发展，一度威胁幕府统治。

就在大明平辽侯入关靖难，奉命监国的同一年，德川幕府也在发生一件惊天动地的大事。

不愿放弃传教使命的葡萄牙势力与德川幕府之间的矛盾达到极点。

庆长十五年，荷兰远东商会会长亚当斯提醒德川秀忠，葡萄牙人热衷传教的表面之下，是为了“解放”日本人灵魂，从而渐渐使日本臣服于罗马教皇。

更让幕府赶到不安的是，旧教国家葡萄牙、西班牙野心勃勃，试图殖民日本，并与丰臣氏为首的反幕势力联合，威胁尚未站稳脚跟的统一政权。

因此在消灭丰臣氏之后，幕府也不能放过打击基督教众多宗派的核心部分。

二代征夷大将军德川秀忠，在经过一番深思熟虑后，决定放弃父亲德川家康时代对红毛夷、天主教的暧昧态度，他下定决心，对日本天主教徒实行血腥清洗，彻底驱逐葡萄牙势力。

山雨欲来风满楼，然而位于旋涡之中的长崎出岛表面风平浪静。