明代漕运，最开始是漕军负责。自洪武后，即安排漕军在运河周边屯田，并负责运输漕粮、维护运河等任务，负责的为漕运总兵。

洪武时期，京师在南京，漕运任务非常轻松；为了打击蒙古而向北方和辽东的漕运，洪武时期一直海运为主，最高时一年七十万石全靠海运。

永乐迁都北京后，开始时候是海运、陆运和河运并举，第一任漕运总兵为平江伯陈瑄，当时他管着运河、陆地转运和海运三部分人马，鼎盛时期的海运在他的调度指挥下，也超过了七十万石。

陈瑄是京杭大运河历史上一个开创性的人物，京杭大运河在他的手上真正成为了明清两代的大动脉。

这个人为人实心实意，做事事必躬亲。他先疏通了会通河，后来又创造性的利用北方大小河流山体，建了好些水库来储水，并建设水闸数百，保证旱季运河有水可用。在他手上，最终实现了大运河的三千里贯通。

陈瑄一手建立起来的运河管理制度、储水方法，浅船制造、仓储分布等等运河维护运营办法，一直用到了清末。

在他创立制度时，将漕军改为两部分，一部分维护运河治安，保卫运河安全的，仍称漕军；一部分改为专门运粮，称为运丁。

到万历年间，吃饷银的漕军数量无太大变化，一直在四万左右；而运丁由于在运河两岸繁衍生息，从最初的八万正丁发展到三十余万。